山西吉縣人祖廟「媧皇宮」遺蹟發現的明代木盒中存有成人頭骨，經碳十四測定有六千二百年歷史，加上明代當地人的墨書記載，有所謂「皇帝遺骨」之說，有內地專家研究，它可能是傳說中史前「女媧」的遺骨，但亦有學者表示保留。

山西省「人祖廟遺蹟」考古結果最近公開，二十三位專家認為，人祖廟是目前在中國發現的最早祭祀女媧的考古遺蹟。他們指出，在母系社會中，女媧首先是原始氏族的名號，同時也成為氏族首領的名字，不會只有一位女媧，而是會有一代又一代的女媧產生。

今次的「女媧頭骨」早於一九八四年發現，包以黃綾，盛於木函。「木函」墨書寫道﹕「大明正德十五年(一五二零年)，天火燒了金山寺，皇帝遺骨流在此。」但因當年發掘條件有限，地方官員沒深入研究，僅將它放還原處。去年起，考古學者對人祖廟一帶重新研究，掘出人頭骨，以及動物祭品骨頭(測測後證實有二千年歷史)，分析後得出今次結論。他們認為木函提及的「皇帝遺骨」，可能是代某代或最後一指女媧，相信它就是明朝人認為「媧皇」遺骨。

但北大考古學教授劉緒卻有保留。他向《東方早報》說﹕「在中國，考古發現的新石器時代人骨很多，未必都與三皇時代聯繫起來。所謂三皇五帝目前看來還都只是傳說，都很『玄』。所以，你問這是否女媧的骨骸，這我可不敢說。」